La audiencia se abrió con la ausencia de varios imputados, entre ellos el expresidente Alfredo Cristiani (1989-1994).
La Fiscalía General de El Salvador expuso que en el caso de los padres jesuitas cuenta "con abundantes evidencias para que los procesados sean enviados a la etapa de juicio" por los delitos de asesinato, actos de terrorismo, conspiración para actos de terrorismo, fraude procesal y encubrimiento.
Los imputados en este proceso son el expresidente Alfredo Cristiani (1989-1994) y el exdiputado y ex asesor jurídico del Ministerio de Defensa Rodolfo Parker.
También están imputados los militares retirados Juan Rafael Bustillo, Juan Orlando Zepeda, Rafael Humberto Larios, Carlos Camilo Hernández, Nelson Iván López, Joaquín Arnoldo Cerna, Inocente Orlando Montano, Óscar Alberto León Linares y Manuel Antonio Ermenegildo Rivas Mejía.
Las víctimas fueron los españoles Ignacio Ellacuría, Segundo Montes, Ignacio Martín-Baró, Amando López y Juan Ramón Moreno y el salvadoreño Joaquín López, la trabajadora de la UCA Elba y su hija de 16 años, Celina Ramos, ambas salvadoreñas.
El 16 de noviembre de 1989 un comando élite del Ejército ejecutó a los religiosos y a dos mujeres en el campus de la jesuita Universidad Centroamericana (UCA).
Por este crimen está encarcelado en El Salvador el coronel Guillermo Benavides, condenado a prisión en 1991.
La Audiencia Nacional de España condenó en 2020 al ex viceministro de Seguridad Pública salvadoreño Inocente Montano a 133 años y cuatro meses de prisión.
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